Sau khi tổ chức lại, lực lượng Biệt động quân Biên phòng có 37 tiểu đoàn đồn trú ở cả bốn Quân khu, được phân bổ như sau:

Trước tình hình chiến tranh khốc liệt, và quân Mỹ rút khỏi Việt Nam, tháng 9 năm 1973, Tổng tham mưu trưởng, Đại tướng Cao Văn Viên đưa ra kế hoạch tái tổ chức lại 58 Tiểu đoàn Biệt động quân (kể cả Biệt động quân Biên phòng) thành 45 Tiểu đoàn, bỏ các đồn trại Biên phòng để hình thành Lực lượng Tổng trừ bị. Theo đó, các Tiểu đoàn 71 và 80 được giải tán để bổ sung cho các Tiểu đoàn còn lại thuộc Quân khu 2. Các Tiểu đoàn 65, 66, 73, 74, 75 và 91 giải tán để bổ sung cho các Tiểu đoàn thuộc Quân khu 3 và các Tiểu đoàn trong các Liên đoàn Tổng trừ bị cho Bộ Tổng tham mưu. Phần lớn các Tiểu đoàn còn lại được tổ chức thành các Liên đoàn Tiếp ứng và Tổng trừ bị cho các Quân khu. Chỉ một số ít Tiểu đoàn vẫn tiếp tục đồn trú tại các trại Biên phòng ở những nơi xung yếu.

Vào những năm cuối của cuộc Chiến tranh Việt Nam, Lực lượng Biệt động quân liên tục được tăng cường, nhằm tổ chức một Lực lượng Trừ bị mạnh để thay thế cho Sư đoàn Nhảy dù và Sư đoàn Thủy quân Lục chiến đang bị mắc kẹt với chiến trường Quân khu I. Các Tiểu đoàn Biệt động quân Biên phòng cuối cùng cũng được rút về để làm nòng cốt xây dựng các Liên đoàn Tổng trừ bị. Cuối năm 1974, Liên đoàn 8 được thành lập. Tháng 3 năm 1975, Liên đoàn 9 được thành lập. Kể từ lúc này, Lực lượng Biệt động quân Biên phòng được xem như hoàn toàn chấm dứt nhiệm vụ Biên phòng, chuyển hẳn sang nhiệm vụ Tổng trừ bị cho Quân khu và Trung ương.